Blu e la sua anima gemella vivono insieme a Rio de Janeiro e hanno avuto 3 figli, quando però scoprono che nel cuore dell'Amazzonia è stato avvistato un altro uccello della loro specie capiscono di non essere gli ultimi rimasti come credevano e decidono di partire in un viaggio di famiglia alla scoperta delle proprie origini. Non sarà facile adattarsi, specie per Blu, il più lontano dalle regole del mondo animale, e non aiuterà il fatto che Miguel, sopravvissuto miracolosamente al film precedente, li abbia avvistati e abbia deciso di partire alle loro calcagna con l'obiettivo di vendicarsi.