Jesse è diventato un adolescente e lavora in un centro di ricerca marino insieme al suo amico Randolph. I due sospettano che Willy ed altre orche possano essere obiettivo di un gruppo di pescatori. Ad aiutare Jesse e Randolph ci sarà il piccolo Max, figlio di uno dei cacciatori, che in una occasione è stato salvato dal mare proprio da un'orca.