Suor Aloysius Beauvier, la severa e temuta madre superiora della scuola parrocchiale di S. Nicola, prova una profonda antipatia per il prete della parrocchia, Padre Flynn, il quale ha un atteggiamento progressista ed è molto popolare. Alla continua ricerca di errori, Suor Aloysius crede di aver scoperto un peccato mortale, quando le arriva voce che Padre Flynn dimostra un particolare interesse per un ragazzo problematico. Ma senza prova, l’unica cosa sicura è il dubbio.