Dopo la misteriosa scomparsa del padre scienziato, l'adolescente Meg, il fratello minore Charles e il loro amico Calvin vengono mandati nello spazio sulle sue tracce da tre creature trascendentali: Cos'è, Chi e Quale. Scopriranno così che la Terra è minacciata da forze oscure che tentano di prendere il sopravvento.