C'è un periodo di tempo nascosto tra un giorno e l'altro noto come Dark Hour. Durante questo periodo, il tempo stesso si ferma all'insaputa dell'umanità, i loro corpi vengono trasformati in bare mentre terrificanti mostri, noti come Shadow, girano liberamente. Solo chi ha risvegliato il potere dei Persona può resistere alla Dark Hour. Makoto Yūki è un adolescente orfano che si trasferisce alla Gekkoukan High School a Tatsumi Port Island ed è costretto ad imbattersi subito nella Dark Hour non appena arrivato. Quando la sua nuova residenza al dormitorio Minatodai viene attaccata da un gigante Shadow, Makoto risveglia inaspettatamente il potere del suo Persona e aiuta a respingerne la minaccia. Dopo aver scoperto che i suoi nuovi compagni di dormitorio posseggono anch'essi il potere di evocare i propri Persona, lo invitano ad unirsi ad un club della Gekkoukan chiamato SEES - Squadra Speciale Esecuzioni Extracurriculari, i cui membri hanno un obiettivo: liberare il mondo dagli Shadow.