Ethan Hunt, in procinto di sposarsi con Julia, ha deciso di ritirarsi dalla squadra operativa della IMF per dedicarsi esclusivamente all'addestramento di nuovi agenti. Acconsente tuttavia a compiere una missione a Berlino per recuperare l'agente Lindsay, che era stata una sua valida allieva. È l'inizio di una serie di fatti che lo vedranno costretto a rischiare tutto ciò che ha di più caro nella lotta contro Owen Davian, un trafficante di armi estremamente pericolose, in combutta con apparati deviati dello stesso IMF.