Aoyama, un bambino di tredici anni, con doti intellettuali prodigiose, ha un modo tutto suo di vedere e conoscere il mondo, tiene dei quaderni su cui annota quotidianamente le sue osservazioni, i suoi esperimenti e le sue esplorazioni. Un giorno alcuni pinguini compaiono improvvisamente nella città in cui vive, Il ragazzino decide di indagare e cercare di risolvere l'enigma sul perché dei pinguini si trovassero nella sua città. Poco tempo dopo aver trovato degli indizi su essi Aoyama si trova vicino ad una fermata dell'autobus, insieme ad una ragazza da lui chiamata "sorellona", che lavora in uno studio dentistico.