La continua apparizione di gigantesche forme di vita non identificate, note come “Specie di Classe S”, è diventata comune in Giappone, ma le armi convenzionali non hanno alcun effetto su di loro. Avendo esaurito tutte le altre opzioni, il governo giapponese emana così il Protocollo di Soppressione delle Specie di Classe S e forma un’unità di controllo nota come SSSP. I membri scelti per l’unità sono il leader Fumio Tamura, lo stratega esecutivo Shinji Kaminaga, il fisico senza particelle Taki Akihisa e la biologa universale Yume Funaberi. Mentre la minaccia delle specie di classe S si aggrava, un gigante d’argento appare da oltre l’atmosfera terrestre. L'analista Hiroko Asami, compagna di Kaminaga e neo-nominata all’SSSP per occuparsi di questo gigante, fa rapporto scrivendo: “Ultraman (nome provvisorio), identità sconosciuta”.