La storia inizia durante la Seconda Guerra Mondiale, pochi giorni dopo la morte di Adolf Hitler. Il Super Soldato Capitan America, frutto degli esperimenti del governo, assale con i compagni un castello rifugio dei nazisti e scopre che questi in realtà sono dei Chitauri, una razza aliena mutaforma. Per impedire il lancio di un missile nucleare da parte dei Chitauri, Capitan America rimane coinvolto nell'esplosione e precipita nelle acque dell'Oceano Pacifico, dove resta congelato. Anni dopo, viene risvegliato da un sottomarino dello S.H.I.E.L.D. per conto del Generale Nick Fury, che intende aggiungere Capitan America al suo progetto Ultimates, ovvero formare un team di superumani per difendere la pace globale.