Nel 1999 un nuovo Godzilla attacca il Giappone, provocando numerose vittime. Il governo giapponese decide allora di costruire un robot dalle fattezze del dinosauro atomico, Kiryu, partendo da cellule spinali estratte dallo scheletro del Godzilla originale, ucciso nel 1954 dal distruttore d'ossigeno inventato dal professor Serizawa. Il robot viene completato quattro anni dopo, nel 2003, in concomitanza con il ritorno di Godzilla. Ma Kiryu, che possiede dentro di sé le cellule di Godzilla, attacca a sua volta l'umanità. Gli umani sono costretti a danneggiarlo per fermarlo mentre Godzilla decide di restare in disparte per il momento.