Anno 2199. La razza umana è stata costretta a ritirarsi nel sottosuolo a causa della radioattività presente in superficie. Nello spazio intanto si confrontano la flotta terrestre e quella del pianeta Gamilas per la supremazia. All'improvviso una capsula aliena colpisce la Terra ed un messaggio, inviato dalla regina aliena Starsha, avvisa gli umani che, se entro un anno non si recheranno sul pianeta Iscandar per recuperare una speciale macchina, la razza umana si estinguerà a causa delle radiazioni. Il destino della Terra è in mano all'ammiraglio Okita con la prodigiosa corazzata Yamato ed il suo coraggioso equipaggio.