A distanza di tre anni dagli eventi narrati nel primo film, Shuya Nanahara, unico sopravvissuto insieme a Noriko Nakagawa del primo Battle Royale, è divenuto un terrorista e ha creato i Wild Seven, un gruppo terroristico composto da ragazzi e da bambini, dichiarando guerra agli adulti e compiendo attentati. Per stanare Nanahara, il governo sceglie una classe di 42 studenti, alcuni dei quali sono rimasti orfani in seguito agli attentati dei Wild Seven. Il loro professore è Takeuchi Riki, un uomo che ha perso la figlia in un attentato causato dai Wild Seven. Gli studenti, tra i quali vi è Shitori Kitano, figlia del professor Kitano ucciso da Nanahara durante il primo Battle Royale, vengono così rapiti e costretti a partecipare all'assalto all'isola in cui è nascosto Nanahara. Una volta sbarcati sull'isola, gli studenti vengono massacrati dai Wild Seven e i sopravvissuti vengono fatti prigionieri...