Due realtà differenti caratterizzano il mondo: una rappresentata dalla vita di tutti i giorni e un'altra nascosta e inaccessibile. Per scoprire se la sua realtà è un costrutto fisico o mentale, per conoscere veramente se stesso, Mr. Anderson dovrà scegliere di seguire ancora una volta il Bianconiglio. E se Thomas, Neo, ha imparato qualcosa è che la scelta, pur essendo un'illusione, è ancora una volta la via d'uscita o di ingresso in Matrix. Ovviamente, Neo sa già cosa deve fare. Ma quello che ancora non sa è che Matrix è più forte, più sicura e più pericolosa che mai. Salvato da Matrix per diventare il salvatore dell'umanità, ancora una volta dovrà scegliere quale strada prendere.