Pada tahun 2138, permainan realitas virtual sedang berkembang pesat. Yggdrasil, sebuah permainan online populer, tiba-tiba ditutup secara diam-diam. Namun, seorang pemain bernama Momonga memutuskan untuk tidak keluar. Momonga kemudian diubah menjadi gambar tulang, disebut "penjinak paling kuat." Dunia terus berubah, dengan karakter non-pemain (NPC) mulai merasakan emosi. Tanpa orang tua, teman, atau tempat di masyarakat, pria muda biasa ini, Momonga, berusaha mengambil alih dunia baru yang menjadi permainan tersebut.