Sementara Perang Dunia Kedua berkecamuk, remaja Mahito, yang dihantui oleh kematian tragis ibunya, dipindahkan dari Tokyo ke rumah pedesaan yang tenang dari ibu tiri barunya Natsuko, seorang wanita yang memiliki kemiripan yang mencolok dengan ibu anak laki-laki itu. Saat dia mencoba menyesuaikan diri, dunia baru yang aneh ini menjadi lebih aneh setelah kemunculan bangau abu-abu yang gigih, yang membingungkan dan membebani Mahito, menjulukinya "yang telah lama ditunggu-tunggu."