Thomas memimpin kelompoknya yang melarikan diri dari Gladers dalam misi terakhir dan paling berbahaya mereka. Untuk menyelamatkan teman-teman mereka, mereka harus masuk ke Kota Terakhir yang legendaris, labirin yang dikendalikan WCKD yang mungkin menjadi labirin paling mematikan dari semuanya. Siapa pun yang berhasil keluar hidup-hidup akan mendapatkan jawaban atas pertanyaan yang diajukan Gladers sejak mereka pertama kali tiba di labirin.