Ketika Sosuke, seorang anak laki-laki yang tinggal di puncak tebing yang menghadap ke laut, menyelamatkan ikan mas yang terdampar bernama Ponyo, dia menemukan lebih dari yang dia tawarkan. Ponyo adalah makhluk muda yang ingin tahu dan energik yang merindukan menjadi manusia, tetapi bahkan ketika dia menyebabkan kekacauan di sekitar rumah, ayahnya, seorang penyihir yang kuat, berencana untuk mengembalikan Ponyo ke laut.