Setelah menghalau rencana Bowser sebelumnya untuk menikahi Putri Peach, Mario dan Luigi kini menghadapi ancaman baru dalam Bowser Jr., yang bertekad membebaskan ayahnya dari penahanan dan memulihkan warisan keluarga. Bersama teman-teman baru dan lama, saudara-saudara tersebut menjelajahi bintang untuk menghentikan crusade pewaris muda.