Kelompok privateer yang dikenal sebagai Blue Steel melanjutkan misi mereka untuk mengirimkan cetak biru Vibration Warhead Torpedo, senjata yang dapat mengubah gelombang perang menguntungkan mereka, ke Amerika Serikat. Namun, ancaman baru muncul dari musuh mereka, Armada Kabut yang luar biasa dalam bentuk "Dewan Siswa", sekelompok kapal perang yang terdiri dari Model Mental yang tersisa, avatar humanoid kapal, yang belum menghadapi kapten Blue Steel yang tak terduga, Gunzou Chihaya. Saat Blue Steel semakin dekat untuk memahami asal-usul otoritas yang mengendalikan musuh, masa lalu Iona mengungkapkan awal perang dan alasannya untuk berpihak pada umat manusia.