Harminc évvel ezelőtt az eurázsiai kontinenst egy szupermasszív térrengés pusztította el – ez a jelenség ismeretlen eredetű űrrezgésekkel jár –, amely több mint 150 millió ember halálát okozta. Azóta ezek a rengések időszakosan sújtják a világot, bár kisebb léptékben. Shidou Itsuka egy átlagosnak tűnő középiskolás diák, aki húgával, Kotorival él együtt. Amikor egy küszöbön álló térrengés fenyegeti Tengu város biztonságát, a férfi rohan, hogy megmentse, de az ebből eredő kitörés elkapja. Felfedez egy titokzatos lányt a forrásánál, akiről kiderül, hogy ő egy Szellem, egy túlvilági entitás, akinek megjelenése térbeli rengést vált ki. Nem sokkal ezután összetűzésbe keveredik a lány és az Anti-Spirit Team, a Szellemek megsemmisítését célzó könyörtelen támadócsapat között. Van azonban egy harmadik fél, aki hisz a szellemek megmentésében: a Ratatoskr, amelyet meglepő módon Shidou kishúga irányít!