A négy mutáns nindzsa teknős visszatért! Leonardo, Donatello, Raffaello és Michalangelo felveszik a harcot a New York City-ben elszabaduló gonosz erők ellen. Esténként háztetőről háztetőre lopakodva védelmezik a várost, amikor azonban egy új gonosz bukkan fel a városban, a teknősöknek össze kell fogniuk, hogy szembeszálljanak Szecska mesterük régi ellenségével, Zúzóval, az elfeledettnek hitt Láb klán vezetőjével.