Emily Byrne FBI-ügynök nyomtalanul eltűnik egy sorozatgyilkos üldözése közben, ezért halottnak nyilvánítják. Hat év elteltével, élve találnak rá egy erdei faházban. Részleges amnéziában szenved és fogalma sincs arról, mi történt vele az eltelt időben. Hazatér, de semmit sem talál régi életéből, szintén FBI-ügynök férje újranősült, kisfia meg sem ismeri, és hamarosan újabb gyilkossági ügybe keveredik, miközben nem bízhat senkiben és korábbi kollégái is ellene fordulnak.
Emily FBI-os felfüggesztésének utolsó napjait tölti, és igyekszik napirendre térni az előző két évadban elkövetett tetteinek következményei felett. Rendkívül éber és bizalmatlan emberként Emily fenyegetést lát mindenkiben és mindenkinek alaposan utánanéz.
A halálos eseményeket követően Emilynek versenyt kell futnia az idővel, hogy megtalálja és megmentse Nicket titokzatos informátora, Kai segítségével. Nyomozás közben Emily rájön, hogy egy jóval összetettebb összeesküvés van folyamatban és kénytelen megbirkózni annak lehetőségével, hogy Nicket megölték.
Zavart állapotban és mozdulatlanná gyógyszerezve Nick egy sötét és szűkös helyen ébred. Közben holttest hiányában Emily nem hajlandó elfogadni Nick halálát és üzletet köt Nick életéért cserébe. Kiderül, hogy Dawkins csapdát állított és mindenki veszélyben van.
Emily követeli az FBI-tól, hogy menjenek Nick után, de ellenállásba ütközik, mely kockázatos tervre kényszeríti. Szemtől szembe kerül egy férfival, aki elvezetheti őt Nickhez. Közben valahol Európában Nicket begyógyszerezik és pszichológiai kínzás alá vetik, mely felszínre hozza eltemetett bűneit és bizonytalanságait, mint FBI ügynök, férj és apa.
Emily engedelmeskedik Dawkins kéréseinek, hogy elvezesse őt Nickhez. Közben ügyes cselhez folyamodik. Miközben Nick bűne és paranoiája kezd túlnőni rajta, végre elűzi az őt kísértő démonjait.
Nicket tovább kínozzák, de lehetőséget lát megszökni fogvatartói elől. Cal és Emily elindulnak megmenteni Nicket, és út közben közelebb kerülnek egymáshoz. Mikor a rejtélyes helyre érnek bizonyítékokra bukkannak, melyek Nick bostoni ügyéhez köthetőek, de Nicknek nyoma sincs.
Emily még utoljára megpróbálja elcserélni a fájlokat Nick életéért, és bizonyítékot követel arra, hogy életben van-e még. Annak viszont nincs tudatában, hogy egy izgalmas hajsza közepette Nick kiszabadul fogvatartói karmai közül. Nick kapcsolatba lép az FBI-jal, Emily pedig vakmerő módját választja szembesíteni Calt múltjával.
Emily és Nick tervet eszel ki, hogy behatoljanak a menekülttáborba, Cal Meridián őrnek tetteti magát annak reményében, hogy megtalálja Armstrongot és bíróság elé állíthassa. Közben Crown és Gunnarsen leszűkíti a kört a Meridián tégla körül, valamint nem várt vendég állít be a farmra.
Nick azon dolgozik, hogy kiszabadítsa a menekülteket, Cal pedig végre szembeszáll Armstronggal. Mikor Gunnarsen és Crown elindulnak letartóztatni Webb igazgatóhelyettest, halálos veszélyt fedeznek fel. Közben Emily a végére akar járni Elliot tevékenységeinek, és a végletekig elmegy, hogy megvédje családját.
Emily és Nick végre újra együtt vannak Flynnel Bostonban, de Elliot biológiai fegyverének fenyegetése még mindig nem múlt. Emily drasztikus megoldáshoz folyamodik és veszélyes döntést hoz annak érdekében, hogy megvédje családját.
