2138-ban a virtuális valóság játékai virágoznak. Az Yggdrasil, egy népszerű online játék, egy nap csendben lezárul. Azonban Momonga, egy játékos, úgy dönt, hogy nem jelentkezik ki. Momonga egy csonttépett alakra változik, mint a "legnagyobb varázsló". A világ tovább változik, és a NPC-k (nem játékos karakterek) kezdenek érzelmeket érezni. Szülői nélkül, barátok nélkül vagy társadalmi helyzet nélkül, ez a szokásos fiatal, Momonga, a játék új világát irányítani próbál.