1963 márciusában bezárták a San Franciscó-i öbölben fekvő börtönsziget fegyházát, és a rabokat más börtönökbe szállították. Vagy mégsem így történt? Csaknem 40 évvel később titokzatos módon hirtelen megjelennek az itt raboskodott elítéltek, és úgy tűnik, nem fogott rajtuk az idő. Rebecca Madsen (Sarah Jones), a fiatal és elszánt nyomozónő Diego Soto (Jorge Garcia) Alcatraz-kutató tudós segítségével a rejtély nyomába ered. Hamarosan kiderül, hogy Emerson Hauser (Sam Neill) sokat tapasztalt FBI-ügynök is a hírhedt alcatrazi bűnözők nyomában van.