400 évvel a jövőben járunk, amikor is egy gyilkos vírus elpusztította a Föld lakosságának 99%-át. Csupán egy fallal körülzárt, védett városállam, Bregna élte túl az emberiségre sújtó armageddont. Bregna-ban látszólag tökéletes az élet, az emberek harmóniában élnek egymással, egy tudósokból álló kongresszus irányítása alatt. A valóság azonban egészen más képet mutat: a városállam életét általános riadalom és belső villongások jellemzik. Aeon Flux, a 'Monican' nevű földalatti titkos mozgalom vezető ügynöke, amelyet a The Handler irányít. Amikor Aeon azt a feladatot kapja, hogy a készülő forradalom érdekében ölje meg az egyik kormányzati vezetőt, egy titokzatos világba nyer bepillantást.