2199-ben, öt évvel a Gamiloniaiak támadása után a megmaradt emberiség a föld alá kényszerült, hogy biztonságban legyenek a sugárzott földtől. Egy nap, az egykori pilóta, Susumu Kodai felfedez egy kapszulát, ami az Iscandar bolygóról származik, és ami megmutatja, hogy lehet eltávolítani a sugárzást a Föld felszínéről. Az Earth Defense Force újraépíti a csatahajóját, majd elindulnak az Iscandar bolyóra, reménykedve abban, hogy megmenthetik a Földet, vagy egy éven belül kihal ez emberiség.