A Blue Steel néven ismert kalózcsoport folytatja küldetését, hogy a Vibration Warhead Torpedo tervrajzait szállítsa az Egyesült Államoknak, amely egy fegyver, amely a háború menetét az ő javukra fordíthatja. Azonban új fenyegetés jelenik meg ellenségüktől, a túlnyomó Ködflottából, amely a "Diáktanács" formájában működik, egy hadihajók csoportja, amely a megmaradt Mentális Modellekből, a hajók humanoid avatárjaiból áll, és még nem találkoztak a Blue Steel kiszámíthatatlan kapitányával, Gunzou Chihayával. Ahogy a Blue Steel egyre közelebb kerül az ellenséget irányító hatalom eredetének megértéséhez, Iona múltja feltárja a háború kezdetét és az emberiség oldalának okát.