Nakon što su spriječili Bowserovu prethodnu zavjeru da se vjenči s princezom Peach, Mario i Luigi sada se suočavaju s novom prijetnjom u Bowser Jr., koji je odlučan osloboditi svog oca iz zarobljavanja i obnoviti obiteljsko nasljeđe. Uz nove i stare saveznike, braća putuju kroz zvijezde da bi zaustavili mladi nasljednikovu kampu.