Prošle su dvije godine od završne bitke sa Sephirothom. Iako je Midgar, grad makoa, grad prosperiteta, sveden na ruševine, njegovi ljudi polako, ali sigurno koračaju putem obnove. Međutim, misteriozna bolest zvana Geostigma ih muči. Bez lijeka na vidiku, donosi smrt pogođenima, jednog za drugim, oduzimajući ljudima njihovu mladu nadu.