रसायन विज्ञान के नियमों की अनदेखी ने एडवर्ड एलरिक के अंगों का आधा हिस्सा छीन लिया और उसके भाई अल्फोंस की आत्मा को कवच से बाँध दिया। खोया हुआ वापस पाने के लिए, भाई फ़िलॉसफ़र के पत्थर की खोज करते हैं। दुश्मन और साथी – भ्रष्ट सेना, होमंकुली और विदेशी रसायनविद – एलरिक भाइयों के मार्ग को बदल देंगे, लेकिन उनका उद्देश्य अपरिवर्तित रहेगा और उनका बंधन अटूट रहेगा।