הדרמה רופא הכלא מתרכזת סביב נה יי ג'ה (השחקן מין נאם גונג), רופא סופר מוכשר במרכז החירום של בית החולים, איש מקצוע מיומן, המטפל בחולים שלו במסירות מלאה וללא אפליה. עם זאת, הרישיון הרפואי שלו מושעה כתוצאה מתקלה של רשלנות רפואית המתעוררת שלא באשמתו. לאחריה, הוא מקבל תעודה כרופא פנימי ומתחיל לעבוד כרופא הכלא, שם הוא מתכנן להתחבב על כל התותחים הגדולים שהגיעו לכלא, אנשי עסקים, סלבריטאים שנתפסו כשעשו סמים, כוכבי ספורט שנאשמו בהימורים, על מנת להפוך אותם לבני בריתו. הוא מתחבב עליהם בדרך מאד ייחודית. מטרתו הסופית, נקמה בבית החולים שהדיח אותו. כדי לבצע אותה, יהיה עליו להיפטר מרופא הכלא הקיים, סון מין שיק (השחקן קים ביונג צ'ול) על מנת לתבוע את המקום לעצמו. וכן להתמודד מול צ'בול כוחני, ששואף להיות יו"ר קבוצת טקאנג, יי ג'ה ג'ון (השחקן צ'וי וון יונג).