סוכן ה-איי-אם-אף, איתן האנט, מואשם בהתקפת הטרור של הקרמלין, ויחד עם שאר חברי הסוכנות, נאלצים להתמודד עם הכרזת הנשיא על ״קוד הצללים״. ללא משאבים וגיבוי ממשלתי, הסוכן איתן האנט חייב למצוא דרך לטהר את שם הסוכנות ולמנוע התקפה נוספת. על מנת לסבך את העניינים אף יותר, איתן נדרש לצאת למשימה עם צוות של סוכנים מבוקשים של ה-איי-אם-אף אשר מניעיהם האישיים לא לגמרי ברורים לו.