מיסיונר (ג'רמי איירונס) מקים כנסייה בג'ונגלים העוינים של ברזיל ומצליח להמיר את דתם של כמה מהמקומיים. רודריגו מנדוזה (רוברט דה נירו), חייל חסר-לב שהרג את אחיו, מצטרף לכנסייה של איירונס, מוצא בה הארה ומבקש להיות כומר. לאחר שרשויות הכנסייה מעבירות את טריטוריית הכנסייה לפורטוגזים, איירונס ודה נירו צריכים לשמר את אשר הקימו.