Falling Skies débute dans le chaos qui s'ensuit d'une attaque extraterrestre ayant laissé la plupart du monde complètement paralysé. Six mois après l'invasion initiale, les rares survivants se sont rassemblés hors des grandes villes pour entreprendre la difficile tâche de riposter. Chaque jour est un test de survie, les soldats-citoyens protégeant les personnes dont ils ont la charge tout en menant une campagne insurgée contre la force extraterrestre occupante.