Itazura na Kiss raconte l'histoire d'Aihara Kotoko, une jeune étudiante pas très douée pour les études et très maladroite. Elle s'est d'ailleurs fait rejeter par Irie Naoki (qui a un QI de 200 et qui est très populaire) dont elle est folle amoureuse. Suite à un tremblement de terre, sa maison s'écroule, et elle et son père vont être hébergés par des amis d'enfance de ce dernier, qui se trouvent être les parents d'Irie Naoki. Leurs cohabitation va être très mouvementée !