Une agente du FBI présumée morte réapparaît après avoir été portée disparue pendant six ans. Elle n'a toutefois aucun souvenir de ce qu'il lui est arrivé et devient vite suspecte dans une série de meurtres.
Emily purge les derniers jours de sa suspension du FBI tout en ayant du mal à accepter les conséquences de ses actions. Hyper-vigilante et méfiante envers les autres, elle voit des menaces partout et regarde tout le monde de plus près.
Suite aux événements meurtriers, Emily doit se lancer dans une course contre la montre pour trouver et sauver Nick, avec l'aide de son mystérieux informateur, Kai. En suivant sa localisation, Emily se rend compte qu'une conspiration plus complexe est en cours et doit envisager la possibilité que Nick ait été tué.
Le FBI identifie un suspect principal dans l'enlèvement de Nick, un certain Colin Dawkins, mais ne parviennent pas à mettre la main sur lui. Pendant ce temps, Emily fait de son mieux pour protéger Kai, son informateur. Ce deux derniers travaillent ensemble sur un plan dans le but de piéger Dawkins et localiser Nick.
Le FBI refuse d’envoyer du soutien à Emily pour retrouver Nick. Elle se retrouve contrainte de mettre en place un dangereux stratagème, qui la mène face au seul homme capable de lui révéler ou se trouve Nick. Au même moment, quelque part en Europe, celui-ci est drogué et torturé mentalement. Il révèle tout de ses remords et de ses doutes quant à son rôle au sein du FBI, mais aussi au sein de sa famille.
Emily se soumet aux exigences de Dawkins afin qu’il la mène jusqu’à Nick, tout en élaborant un plan astucieux. De son coté, Nick, sur le point de se laisser envahir par le remords et la paranoïa, parvient finalement à faire taire les démons qui le hantaient depuis si longtemps.
Nick est torturé sans relâche, mais trouve un moyen de fausser compagnie à ses bourreaux. Cal et Emily, partis au secours de Nick, finissent par se rapprocher l’un de l’autre. Arrivés au lieu indiqué, ils rassemblent des preuves liées à l’affaire de Boston, mais aucun signe de Nick lui-même.
Emily tente désespérément d’offrir les documents volés en échange de Nick, exigeant de savoir si celui-ci est bel est bien en vie. Mais Nick a réussi à échapper à ses ravisseurs après une longue course poursuite. Il parvient à contacter le FBI pendant qu’Emily se décide enfin à questionner Cal sur son lien avec Meridian.
Emily vole au secours de Nick et ils établissent ensemble un plan pour infiltrer le camp de réfugiés. Cal doit se faire passer pour un garde du Meridian dans l’espoir de trouver Armstrong et de lui faire payer ses crimes. Au même moment, Crown et Gunnarsen se rapprochent de la base du Meridian, alors qu’un visiteur inattendu arrive sur l’exploitation.
Nick s’efforce de libérer les réfugiés tandis que Cal se retrouve face à Armstrong. Alors que Gunnarsen et Crown s’apprêtent à arrêter le vice-président Webb, ils découvrent une arme mortelle. Emily tente d’empêcher Elliot de mener son plan à bien, prête à tout pour protéger les siens.
Emily et Nick retrouvent enfin Flynn à Boston, mais la menace de l’arme biologique d’Elliot continue de planer sur eux. Emily doit employer les grands moyens et faire un choix risqué afin de mettre sa famille à l’abri.
