Une agente du FBI présumée morte réapparaît après avoir été portée disparue pendant six ans. Elle n'a toutefois aucun souvenir de ce qu'il lui est arrivé et devient vite suspecte dans une série de meurtres.
Emily Byrne est vivante. Après avoir été présumée morte pendant six années, elle est retrouvée par une équipe de FBI dans une cabane au milieu des bois. Elle ne se souvient pas de ses six années d'absence et toute sa vie a changé. Son mari s'est remarié, son fils ne la reconnait pas. Elle va devoir se battre pour retrouver une place auprès de Flynn et bientôt pour prouver son innocence face à un meurtre pour lequel elle est désignée suspect n°1.
Alors qu'Emily se bat pour retrouver le cours de sa vie, le tueur en série présumé Conrad Harlow, emprisonné pour l'avoir tuée est relâché. Entre un témoin qui apparait et qui renforce ses accusations pour le meurtre dont elle est soupçonnée et le désintérêt de Flynn à son égard, Emily tente de relever la tête et d'y voir plus clair avec l'aide son ex-mari Nick Durand.
Lorsque le tueur en série présumé coupable de la mort d'Emily est retrouvé noyé dans une piscine, Emily est le suspect n°1 pour Tommy Gibbs et le chef de la police de Boston.
Emily est en fuite et après une séance d'hypnose avec son ancien psychiatre, elle découvre un élément important sur son passé. Lorsque le détective Gibbs et Nick trouvent un agent du FBI qui semble avoir été assassiné par Emily, la chasse pour Emily atteint un autre niveau. Avec l'aide d'une piste donnée par Adam Radford, Emily doit relier tous les fils et échapper à la prison. Pendant ce temps, Nick tente de surmonter la trahison vis à vis d'Alice. Emily peut-elle se sauver? Nick sera-t-il capable de garder sa famille unie?
Emily découvre qui est le tueur de dhalia, rose, violet, jasmin. Emily échappe à son arrestation et se lance sur une autre piste de l'enquête. Mais cette nouvelle piste est inquiétante et la conduit à soupçonner l'un de ses proches. Malheureusement, cette personne est la seule à pouvoir l'aider... Est-ce juste de la paranoïa ou est-ce qu'elle n'a vraiment personne à qui s'adresser? Pendant ce temps, Alice apprend une nouvelle importante et doit prendre une décision très difficile.
Jack aide à sauver la vie d'Emily et trouve un lien surprenant avec l'enfance d'Emily. Elle découvre des secrets du passé qui se rapportent à un ami d'enfance, Charles. Pendant ce temps, Tommy arrête Jack pour avoir aidé Emily. Alice confronte Nick, ce qui la met en danger, elle et Flynn.
Alice et Flynn sont enlevés par une personne mystérieuse. Nick soupçonne qu'Emily a kidnappé sa famille et tente désespérément de les retrouver. Une reporter assaille Jack chaque fois qu'elle veut obtenir des informations exclusives. Emily tente d'obtenir des réponses de Charles, mais doit s'enfuir quand Nick essaie de l'arrêter. Comment le couple agira-t-il quand ils se rencontreront à nouveau ?
Emily réussit à extraire des informations de Charles, et espère que ce sera une percée dans sa recherche. Cela va-t-il mener à Flynn ? Va-t-elle découvrir l'identité de son ravisseur ? Est-ce que Tommy et Nick vont attraper Emily et mettre fin à l'affaire qui a presque consumé toute la vie de l'ancien agent ?
