Uryû Kamihate est un lycéen qui souhaite entrer à la prestigieuse école de médecine de l'université de Kyôto. Sans le sou après avoir grandi dans un orphelinat, il est recueilli par le prêtre du sanctuaire Amagami. Mais pour vivre gratuitement dans ce lieu, il devra se marier avec l’une des trois filles du prêtre ! Comment va-t-il gérer cette cohabitation et laquelle choisira-t-il ?