Quelque part sur une île isolée se trouve une étrange académie. Un jour, Nanao Nakajima y fait la rencontre de la nouvelle de sa classe, Nana Hiiragi, qui prétend pouvoir lire dans les pensées des gens. En effet, ceux qui fréquentent cet établissement sont dotés de super pouvoirs : la maîtrise du feu et de la glace, le pouvoir de voler ou encore la capacité à créer des lames d'air... ! Dans le but de combattre les monstres appelés les « ennemis de l'humanité », les étudiants subissent des entraînements intensifs.