Kung Lao a triomphé dans le tournoi de Mortal Kombat, battant Shang Tsung et sauvant la terre. Il doit maintenant entraîner une nouvelle génération de combattants pour le prochain tournoi. Shang Tsung, depuis son exil, s'attache à saboter les efforts de Lao avec l'aide de combattants surnaturels comme le Scorpion et Sub-Zero.