Dans un futur proche, en 2009 (la série date de 1999), le jeune Yuji Kaido apprend qu'il est atteint d'une maladie génétique grave et incurable. Son seul espoir est la cryogénie en attendant l'avancée des compétences médicales. Lorsqu'il se réveille 22 ans plus tard, en 2031, il découvre que la Terre a été envahie en 2017 par des monstres insectoïdes géants, les "Blue", et que les gens qui comme lui ont été cryonisés, les « Sleepers », sont peut-être le seul espoir de survie de la race humaine.