Il y a environ mille ans, la Terre était condamnée à embrasser sa fin. Une mystérieuse personne reproduisit et recréa tout ce qui existait sur Terre avec d’innombrables mécanismes avant ce jour final, ce qui permit finalement aux êtres humains de survivre. Un jour, une boîte tomba soudainement dans l’appartement de Naoto Miura, un garçon qui possède un certain talent concernant les méchanismes. Dans la boîte, il y avait un automate féminin nommé RyuZU. La rencontre entre Naoto et RyuZU amorce le mouvement des roues de la destinée…