En l'an 2138, le jeu de réalité virtuelle est en plein essor. Yggdrasil, un jeu en ligne populaire, est soudainement fermé discrètement un jour. Cependant, un joueur nommé Momonga décide de ne pas se déconnecter. Momonga est alors transformé en l'image d'un squelette, appelé "le sorcier le plus puissant". Le monde continue de changer, les personnages non-joueurs (NPC) commencent à ressentir des émotions. Sans parents, amis ou place dans la société, ce jeune homme ordinaire, Momonga, s'efforce de prendre le contrôle du nouveau monde dans lequel le jeu est devenu.