Les Minipouss sont de petites créatures, mi-hommes et mi-souris, vivant secrètement parmi nous : dans nos murs, nos greniers, nos jardins... Éric Legrand, un garçon de douze ans, est l'un des rares humains à connaître leur existence. Il devient rapidement le meilleur ami de quelques-uns d'entre eux : Tom, sa sœur Lucie, leur cousin maladroit Charlie Mini et le doyen râleur Grand Pa. Tous ensemble vont lutter contre le professeur Chassard et son assistant qui souhaitent dévoiler au monde entier l'existence des Minipouss...