Go! Princess PreCure se déroule dans un collège avec internat, appelé Noble Academy. La protagoniste, Haruka Haruno, est une élève de première année âgée de 13 ans. Son grand rêve est de devenir une princesse un jour, car elle a admiré une princesse dans un livre d'images qu'elle a gardé depuis son enfance. Un jour, elle se transforme en Cure Flora grâce à la "Dress Up Key" que le Prince Kanata du Hope Kingdom lui a donné comme porte-bonheur quand elle était petite. Elle retrouve ensuite d'autres Pretty Cure dans son école, Minami Kaidou, 14 ans, en Cure Mermaid et Kirara Amanogawa, 13 ans, en Cure Twinkle. En tant qu'équipe Princess Pretty Cure, avec deux fées Pafu et Aroma, elles se battent contre la sombre sorcière Dyspear, qui déteste tous les rêves du monde et veut les transformer en désespoir.