Les agents de l’unité du FBI basée à New York mettent à contribution leurs talents, leur intelligence et leur expertise technique afin d’assurer la sécurité des citoyens de la ville et du pays.
Après qu'une bombe a explosé dans un restaurant du Queens, l'affaire devient personnelle pour OA, qui a souvent mangé là-bas durant son enfance. Il s'infiltre incognito afin d'empêcher un autre incident.
Après le kidnapping du fils d'une célèbre bloggeuse, l'équipe doit fouiller dans ses deux millions de followers pour trouver le coupable. Kristen continue de s'habituer à la vie d'agent de terrain avec son nouveau partenaire, Stuart Scola.
Après qu'une candidate à la présidence a été la cible d'une voiture piégée, OA et Maggie doivent trouver les coupables avant qu'ils ne recommencent. Mais les premiers éléments de l'enquête poussent l'équipe à se demander si elle est visée pour ses aspirations politiques…
Dans la foulée d'une tuerie dans un nightclub, il semblerait que le FBI ait ignoré de précédentes menaces d'un groupe local de suprématistes blancs. Kristen se bat avec son engagement au bureau et sa responsabilité vis-à-vis de sa communauté.
Jim Russo, un mari aimant et père de deux enfants, est kidnappé après avoir été mêlé accidentellement à des affaires illégales aux ramifications bien plus importantes que ce qu'il imaginait. Quant à Jubal, il doit de son côté prendre une décision difficile concernant l'ensemble des membres de sa famille et leur avenir commun.
Après le meurtre d'un investisseur de Wall Street, l'équipe est menée vers un réseau interne de traders qui utilisent des méthodes non conventionnelles pour obtenir des informations. OA peine à maintenir le secret sur sa relation naissante avec Mona.
L'équipe enquête sur l'assassinat d'un membre du conseil d'une compagnie de technologie médicale sur le point d'être lancée. Elle essaie de savoir à qui profite le plus sa mort.
En enquêtant sur les circonstances d'un accident de voiture qui a coûté la vie à un photographe, l'équipe se rend compte que tout n'est pas aussi simple qu'il y paraît. Maggie sympathise avec sa veuve, Annie Weber.
Une ancienne victime de kidnapping est liée à une série de meurtres, qui inclut la fille d'un détective de la NYPD. Kristen doute de ses capacités d'agent après qu'un exercice l'a mise en difficulté.
Un braquage de banque mène l'équipe à un coffre-fort. Ce qu'il contient a le potentiel de détruire la sécurité nationale. Kirsten est impatiente de travailler sur le terrain, alors que les autres membres de l'équipe ont encore des doutes à son sujet.
Une explosion frappe un immeuble de New York en plein après-midi, coûtant la vie à un petit garçon. Maggie et Omar sont dépêchés sur place. Alors qu'ils entament leur enquête, une deuxième bombe, encore plus dévastatrice, explose.
Lorsqu'un avocat américain est retrouvé mort à quelques pas du corps d'une escort girl, l'équipe doit connecter ces victimes apparemment sans lien. La connexion de Jubal avec une des victimes rend l'affaire bien plus personnelle...
Après le détournement d'un camion rempli de fusils à munitions perforantes, l'équipe travaille pour découvrir qui l'a volé et à quoi les armes sont destinées.
Alors que la police a ignoré ses appels à l'aide, un père désespéré enlève la fille d'un milliardaire et se barricade dans une pièce de survie sécurisée, et prévient qu'il n'en sortira que quand on lui ramènera son fils. Jubal saisit l'occasion de tester ses compétences de négociateur...
Sur la scène d'un meurtre, l'équipe suspecte rapidement un motif politique. Lorsqu'un second meurtre est commis, les enquêteurs doivent découvrir les éléments liant les deux affaires avant que le tueur ne frappe à nouveau.
Jess LaCroix, de la Brigade des Fugitifs, s'intéresse à l'affaire d'un bus scolaire rempli d'enfants kidnappés. Il s'avère que le suspect est un suprémaciste blanc qu'il avait appréhendé quelques années plus tôt.
L'équipe du FBI enquête sur un deal de drogue qui a mal tourné après la découverte du corps d'un étudiant. La détective Hailey Upton rejoint l'équipe temporairement, et se rend vite compte que ses méthodes habituelles d'enquête ne correspondent pas à l'environnement conservateur du Bureau.
