A l'époque Edo, les samurais étaient respectés de tous, mais la venue des Amanto (aliens) ont entrainés la déchéance des samurais avec l'interdiction du port de l'épée. Mais un jeune garcon du nom de Sataka Gintoki décide de vivre à sa manière en devenant un freelancer (personne qui accepte des petit boulots pour rendre service). Accompagné de ses deux amis Kagura et Shinpachi, il vivent et se battent en tant que hors-la-loi.