L'histoire débute dans un petit village du nom de Talta, où vivent Shu et ses deux amis, Jiro et Kluke. Chaque année, un requin terrestre attaque le village de nos héros, les habitants n'ont alors d'autre choix que de se réfugier sur les hauteurs et de regarder, impuissants, le monstre ravager toutes les habitations. Mais cette année, les trois enfants sont décidés à en finir avec cette créature, qui par le passé, provoqua la mort des parents de Kluke et Shu. Malheureusement, le plan qu'ils avaient préparé tourne mal. Ils se retrouvent embarqués dans une forteresse volante qui se révélera être celle de Nene, un personnage puissant qui, aux côtés d'une ancienne civilisation gardienne d'un pouvoir puissant que l'on croyait disparu, menace le sort du monde et de ses habitants.