Dans un futur proche, une montée soudaine des eaux a immergé une grande partie de la civilisation humaine. Natsuki Ikaruga a perdu sa mère et l’une de ses jambes dans un accident quelques années plus tôt. Éprouvé par la vie, il a quitté la ville pour venir s’installer dans sa vieille maison de campagne à moitié engloutie par la mer. Sans famille, il n'a que le bateau et le sous-marin que lui a légué sa grand-mère océanologue, ainsi que ses dettes. Une rumeur dit qu’elle aurait laissé un trésor dans son laboratoire au fond de la mer. Mais le garçon va trouver autre chose : un robot, Atri, dont l’apparence et les émotions sont celles d’une jeune fille paraissant bien vivante !