Il y a des années, la soudaine apparition des Gadolls, une forme de vie inconnue, a bien failli conduire à l'extinction du genre humain. Pour se protéger de la menace, les survivants ont trouvé refuge dans la forteresse mobile Deca-Dence, haute de 3 000 mètres. Deux sortes d'habitants existent : les Gears, des guerriers luttant nuit et jour contre les Gadolls, et les Tankers, des humains sans capacité à combattre. Natsume est une jeune Tanker qui entretient le rêve de devenir une Gear. Un jour, elle rencontre Kaburagi, un réparateur froid et brusque.